Salah satu tokoh antagonis terkuat di Samurai X. Bahkan Kenshin pun sampai kesulitan mengalahkannya hingga akhir. Rencana jahat Shishio adalah ingin menggulingkan pemerintahan Meiji, yang berujung pada duel pedang antara kedua mantan agen pembantai di masa revolusi yaitu Kenshin dan Shishio.
Shishio Makoto adalah antagonis utama dari Kyoto arc dan mantan hitokiri Ishin Shishi. Kenshin yang berhenti menjadi battousai setelah kematian Tomoe membuat Shishio yang ditunjuk meneruskan karirnya sebagai sang battousai. Namun setelah rekan-rekannya di pemerintahan berusaha untuk membunuhnya tetapi malah gagal, Shishio Makoto menjadi dendam terhadap pemerintah Meiji. Dia kemudian mengumpulkan pasukan dan mengembangkan milisi anti-pemerintah yang dipimpin oleh kelompok prajurit elit pribadinya sendiri. Pasukan pemberontak itu bernama Juppongatana.
Bahkan Seperti pedang bermata terbalik milik Kenshin, pedang Shishio, Mugenjin berasal dari pandai besi yang sama, yakni Arai Shakkuu dari era Bakumatsu, dan merupakan senjata yang memang murni dimaksudkan untuk membunuh. Teknik pedang api Shishio berasal dari lemak maupun daging korban-korbannya selama bertahun-tahun, digabungkan dengan panas tubuh dari Sishio sehingga bisa menghasilkan api dari pedang tersebut. Teknik pedangnya yang mengeluarkan api, Kagutsuchi terinspirasi dari seorang dewa api kepercayaan Shinto yang memiliki nama yang sama. Kagutsuchi juga merupakan dewa yang terakhir dilahirkan oleh Izanami-no-Kami
Shishio Makoto dengan penampilannya yang mengerikan ini memiliki bola mata yang berwarna merah. Sebelum dieksekusi, Shishio memiliki alis berwarna hitam dan rambut hitam disisir ke belakang dengan kuncir ala samurai. Setelah dibakar, kulit Shishio jadi berwarna coklat dan pecah-pecah, terkadang tampak merah. Dia memakai perban di seluruh tubuhnya yang tampak seperti mumi untuk mengurangi rasa sakit dan menyembunyikan kecacatan bentuk tubuhnya yang bekas terbakar itu. Dia juga mengenakan jubah kimono yang berwarna ungu. Baik sebelum dan sesudah dibakar, Shishio cenderung mengenakan kimono dengan bagian kanan dada dan lengan kanan kimononya sengaja dibiarkan terbuka. Dia juga belajar dari kesalahannya dengan memakai hachigane atau ikat kepala besi karena pada Perang Boshin dia dikalahkan dengan hantaman di kepalanya.
Karakter Shishio sebelum terbakar menurut Nobuhiro Wakatsuki, didasari karena kesukaannya pada karakter game Samurai Showdown, Kibagami Genjuro. Sedangkan rancangan awal Shishio, Watsuki mengungkapkan kalau ia terinspirasi dari Serizawa Kamo, pemimpin utama dari komplotan pedang Shinsengumi di dunia nyata. Serizawa Kamo adalah ketua Shinsengumi yang semena-mena dan memanfaatkan kekuasaannya demi urusan pribadi. Akhirnya Serizawa dibunuh oleh beberapa anak buahnya sendiri yang mau merubah Shinsengumi agar tak menjadi organisasi yang jahat. Shishio Makoto sangat percaya pada konsep sosial Darwinisme, di mana makhluk yang lemah diciptakan hanya untuk sebagai makanan dari makhluk yang kuat. Dengan slogan “Yang kuat memakan yang lemah”
-"Survival of the Fittest" -
Dalam sejarah asli Jepang, petugas militer dan polisi dilarang memasuki area kuil Gunung Hiei yang dianggap suci, karena itulah para penjahat berkumpul di sana. Mereka mengklaim bahwa mereka berada di sana untuk mencari "pencerahan agama." Karena itulah, Nobuhiro Watsuki sang pengarang manganya menentukan tempat persembunyian Shishio dan kelompok Juppongatana miliknya di Gunung Hiei pada cerita Rurouni Kenshin.
Watsuki mengatakan bahwa editornya ingin dia membuat "sebuah arc cerita besar", yang menuntunnya untuk menciptakan tokoh Shishio Makoto. Oleh karena itu, menurut Watsuki, Shishio tidak memiliki model untuk kepribadiannya. Dia awalnya memberikan motivasi karakter Shishio untuk membalas dendam karena itu akan membuatnya lebih mudah mengungkapkan kekecewaan Shishio kepada pemerintah Meiji. Namun, Watsuki percaya motivasi karakter seperti itu akan hanya membuat cerita menjadi berskala kecil. Oleh karena itu, dia membuat Shishio termotivasi untuk membalas dendam dan keinginan untuk menaklukkan Jepang.
